【2025年版】勤怠管理システムの費用相場とおすすめツール！クラウド型とパッケージ型

勤怠管理システムの費用・料金相場

勤怠管理システムの初期費用やランニングコストは、クラウド型とパッケージ型のどちらを導入するかによって異なります。

自社にあった勤怠管理システムを導入することで、効率的な管理が見込めるでしょう。それぞれの勤怠管理システムの費用を詳しく解説していきます。

クラウド型勤怠管理システム

クラウド型勤怠管理システムの初期費用

クラウド型勤怠管理システムにかかる初期費用の目安は0円〜50万円です。初期費用には下記のような項目が含まれます。

従業員数が多かったり機能が豊富だったりするほど、初期費用が高くなる料金形態が一般的です。クラウド型の勤怠管理システムには無料のお試しプランを用意しているサービスもあります。

クラウド型勤怠管理システムのランニングコスト

クラウド型勤怠管理システムにかかるランニングコストの目安は、従業員1人あたり200円〜500円/月です。

従業員数に応じて費用が変わる従量課金が基本ですが、利用できる機能数やサポートの有無によって月額費用が変動する場合もあります。サーバーの運用はシステム会社が行うため、自社で保守運用費を負担する必要がありません。

従業員が少ない会社はクラウド型勤怠管理システムがおすすめ

従業員数が少ない会社の勤怠管理には、パッケージ型よりもクラウド型がおすすめです。クラウド型勤怠管理システムの月額費用は利用人数に応じて高くなる従量課金のため、従業員が少ないほどランニングコストが安くなります。

従量課金ではない代わりに初期費用が高いパッケージ型と比較して、お得な場合が多いです。

パッケージ型勤怠管理システム

パッケージ型勤怠管理システムの初期費用

パッケージ型勤怠管理システムにかかる初期費用の目安は30万円〜150万円です。初期費用には下記のような項目が含まれます。

機能数やオプション・サポートの有無によって費用は異なります。パッケージを利用せず、フルスクラッチで（0から）勤怠管理システムを構築する場合の初期費用はさらに高額です。

パッケージ型勤怠管理システムのランニングコスト

パッケージ型勤怠管理システムにかかるランニングコストの目安は

パッケージ型の勤怠管理システムを利用するためには、自社に設置したサーバーを管理・運用しなくてはいけません。専門的な知識・スキルを有したエンジニアが必要です。

たいていはシステム会社への月額もしくは年額費用も発生します。運用でトラブルが発生したときにサポートを受けたり、法改正に合わせてシステムをアップデートさせたりといった費用です。

従業員が多い会社はパッケージ型勤怠管理システムがおすすめ

従業員数が多い会社の勤怠管理には、クラウド型よりもパッケージ型がおすすめです。利用者数に応じて月額費用が高くなるクラウド型と異なり、パッケージ型勤怠管理システムは従業員数が増えてもランニングコストが大きく変わりません。

クラウド型と比べて初期費用は高額ですが、支払い総額ではお得になりやすいのです。たとえば従業員2,000人の企業があるとします。

クラウド型勤怠管理システム「奉行Edge勤怠管理クラウド」とパッケージ型勤怠管理システム「クロノスPerformance」を導入しました。5年間運用した場合の初期費用および月額費用を比較してみます。

上記のように複数年の支払い総額で見た場合、従業員数が増えるほどクラウド型よりもパッケージ型のほうがお得な場合も多いです。費用を抑えて勤怠管理システムを導入したい場合は、初期費用やランニングコストそれぞれではなく支払い総額で比較しましょう。

ただし上記はあくまで目安であり、実際の費用はお見積もり・お問い合わせで確認してください。

企業規模別の適性比較

勤怠管理システムの選定は、企業規模に応じた適切な選択が重要です。中小企業では「低コスト」「簡単な操作性」が重視される一方で、大企業では「カスタマイズ性」「多拠点対応」「複雑な勤務形態への対応」が求められます。

例えば、中小企業には比較的安価で標準機能が充実したクラウド型システムが適しているでしょう。大企業には多様な働き方やグループ会社全体の一元管理を可能にするパッケージ型やカスタマイズ対応型が推奨されます。

以下の表を参考に、自社の規模に合ったシステムを検討してください。

このように、自社の規模やニーズに応じた選定を行うことで、効率的かつ柔軟な勤怠管理を実現できます。

勤怠管理システムの費用具体例5選

実際のサービスを例に、勤怠管理システムの導入および運用にかかる費用を紹介します。勤怠管理システムは多種多様で、それぞれ料金や機能が異なります。

「ビジトラの勤怠管理AI診断」を使えば、主要ツールを簡単比較し、自社に最適なシステムを見つけることが可能です。

クラウド型1. ジョブカン勤怠管理

参照：ジョブカン勤怠管理

※大企業（500名目安）は別途お見積もり

ジョブカン勤怠管理はシリーズ累計で15万社以上の導入実績を持つ、シェアトップクラスのクラウド型勤怠管理システムです。

打刻機器を購入しない場合は初期費用0円で導入でき、有料プランも1ユーザーあたり税込220円〜/月と良心的な価格に設定されています。無料のトライアルプランがあったり機能数によってプランを月ごとに変更できたりと、柔軟に費用を調整できる点が特徴です。

従業員が多い企業（目安500名）では別途お見積もりが必要なため注意しましょう。

クラウド型2. 奉行Edge勤怠管理クラウド

参照：奉行Edge勤怠管理クラウド

奉行Edge勤怠管理クラウドは、ユーザーごとではなくライセンス構成ごとに費用が設定されている勤怠管理システムです（基本は従業員20ライセンスまで）。

従業員1人あたり月額390円と抑えめの価格で、打刻や勤怠集計、コンプライアンス遵守など基本的な機能はそろっています。

メンタルヘルスケアや給与明細電子化、年末調整申告書などのクラウドサービスもあり、複数利用して割引を受けることも可能です。料金シミュレーションでは利用年数や従業員数を入力して大まかな支払い費用を計算できます。

クラウド型3. ハーモス勤怠（旧IEYASU）

参照：ハーモス勤怠

ハーモス勤怠は費用の安さが特徴的なクラウド型勤怠管理システムです。従業員数ごとに段階的な月額費用が設定されていて、上限ギリギリになるほど1人あたりの費用がお得なシステムとなっています。

たとえば「月額32,780円/499名まで」のプランを450名で利用した場合、従業員1人あたり約73円というお手軽さです。打刻や勤怠承認、シフト管理といった最低限の機能を備えた無料プランも用意されています。

パッケージ型1. BIZWORK＋

参照：BIZWORK＋

BIZWORK＋は豊富なオプションで自社に合わせてカスタマイズできるパッケージ型勤怠管理システムです。

基本パッケージにタイムレコーダのICカード認証機能やエクセルシフト表の取込機能などのオプションをつけて、自社に適したシステムを構築できます。

約半年間の初期導入支援（150万円〜）もあるため、初めての勤怠管理システム導入でも安心です。導入後、1年間の保守サポート契約（費用：要お問い合わせ）が必要となっている点に注意しましょう。

パッケージ型2. クロノスPerformance

参照：Xronos PERFORMANCE

Xronos PERFORMANCEは従業員数やクライアント数によって初期費用と月額費用が細かく設定されているパッケージ型勤怠管理システムです。

それぞれ下記のようにパターンが設定されていて、合計43パターンから自社に合ったスタイルを選べます。

従業員が2000人以上の場合もしくは21クライアント以上で操作する場合は、別途お見積もりが必要です。

勤怠管理システムのメリット7選

勤怠管理システムには大きく7つのメリットがあります。

1. 打刻時間を正確に把握できる

勤怠管理導入の最大のメリットは従業員の勤怠情報を一元的に管理できる点です。出退勤時にICカードやスマートフォンでスムーズに打刻できるのは、従業員にとっても大きなメリットと言っていいでしょう。

ただし、出退勤時間が正確に把握できても給与ソフトが手入力であれば正確性が損なわれます。勤怠管理システムと給与管理システムとを連携させることで、正確な給与計算が可能です。

2. 不正な打刻の防止につながる

勤怠管理システムを導入すれば第三者の不正な打刻を防げます。タイムカードやタイムレコーダーといった打刻方法では、本人や管理者以外の第三者でも打刻が可能です。不正な打刻によって給与をごまかすことも可能でした。

ICカードやスマートフォン、生体認証を用いて打刻する勤怠管理システムであれば、本人以外による不正な打刻を防止できます。

GPSを用いた打刻機能を持つ勤怠管理システムもあり、打刻と同時に位置情報も記録できるため直行直帰や出張といった勤務にも柔軟な対応が可能です。

3. 労働時間の管理がしやすい

労働時間を管理しやすくなることも勤怠管理システムのメリットです。従業員の残業や遅刻、早退、欠勤などを一元的に管理し正確に把握できるため、適切な労務管理ができます。

サービス残業やみなし残業、36協定違反を防ぐことが可能です。従業員の労働時間を把握ししっかりと管理すれば、トラブルの抑止や企業イメージの向上につながります。

4. コストの抑制ができる

手作業で管理・集計していた勤怠情報をシステム管理にすることで、業務を効率化してコストを削減できます。

給与システムと連携することで給与支払いの正確性も増すため、ミスで給与を多く支払ってしまうといったコストを抑制することも可能です。

5. モバイルデバイス対応している

モバイルデバイス対応の勤怠管理システムでは、通常の出退勤の打刻だけではなく直行直帰の申請や遅刻・早退・欠勤の申請などもスムーズに行えます。

書類提出の手間を省けるうえに、場所に関係なく正確な打刻ができるため、従業員の生産性を上げることが可能です。

6. 他システムと連携できる

勤怠管理システムとほかのシステムとを連携させることで、事務作業のコストを削減しつつ正確性を上げられます。

勤怠管理システムとの連携でもっともメリットが大きいのは給与管理システムでしょう。勤怠・給与・人事などを包括した労務管理システムの構築も比較的容易です。

7. 法改正への対応がスムーズになる

労働基準法の改正があった場合、基本的にはシステム開発会社によるバージョンアップのみで対応が完了します。

内容の把握は必要ですが、大きなオペレーションの変更が必要ない点はコスト削減・人的ミス防止の観点で重要です。

上記すべてのメリットを最大化するためには、自社に合ったツール選びが鍵です。「ビジトラの勤怠管理AI診断」を活用し、最適なツールで業務効率化を実現しましょう。

勤怠管理システム導入の注意点

勤怠管理システムを導入する際には、自社の業務に適したものを選ぶことが重要です。適切なシステムを選ばないと、導入後に運用がうまくいかず、コストや手間が増える可能性があります。

導入時に特に注意すべきポイントを詳しく解説します。

自社の勤務体系との適合性

勤怠管理システムは、自社の勤務体系に合ったものを選ばないと、運用がスムーズにいきません。たとえば、シフト制やフレックスタイム制など、多様な働き方に対応できるかどうかを確認する必要があります。

チェックポイントは、下記のとおりです。

• シフト制や変形労働制など、自社特有の勤務形態に対応しているか
• 法改正（例：働き方改革関連法）への対応が可能か
• 勤務時間や休憩時間の計算が正確に行えるか

勤務体系が複雑な場合は、カスタマイズ性の高いシステムを検討するのがおすすめです。

操作性と使いやすさの確認

どんなに高機能なシステムでも、操作が難しければ現場で活用されません。特に、従業員全員が日常的に使用するツールなため、直感的な操作性が重要です。

使用感で確認すべきポイントは、以下のとおりです。

• シンプルで直感的なUI（ユーザーインターフェース）か
• スマホやタブレットからも簡単に操作できるか
• 初めて使う従業員でも迷わず利用できる設計になっているか

無料トライアルを活用して、実際の操作感を確認しましょう。

データの可視化と分析機能

勤怠管理システムは単なる記録ツールではなく、データを活用して業務改善につなげることが求められます。可視化や分析機能が充実しているシステムは、生産性向上にも役立ちます。

上記の機能で注目するべきポイントは、以下のとおりです。

• 勤務時間や残業時間をグラフやチャートで可視化できるか
• 部署ごとの労働時間やコストを分析できる機能があるか
• データエクスポート機能で外部ツールとの連携が可能か

データ分析機能は、人事部門だけでなく経営層にも有益です。

他システムとの連携可能性

勤怠管理システムは、給与計算ソフトや人事管理ツールなどと連携できると、さらなる効率化が期待できます。連携機能が充実しているかどうかも重要な選定基準です。

他のシステムと連携するうえで、確認するべき点を下記にまとめました。

• 給与計算ソフトとのデータ連携が可能か
• 人事管理ツールやERP（統合基幹業務システム）との統合性はどうか
• API連携によってカスタマイズが可能か

既存の業務フローに組み込める柔軟性があるシステムを選びましょう。

導入後のサポート体制

導入後のサポート体制も見逃せないポイントです。不具合時の対応やアップデート情報の提供など、サポート体制が整っていることで安心して利用できます。

以下の確認事項で、サポート体制に問題がないかチェックしましょう。

• 導入後のトラブル対応や問い合わせ窓口はあるか
• 定期的なアップデートや新機能追加のサポートはあるか
• 導入時の初期設定サポートやトレーニングサービスは充実しているか

サポート体制は長期的な運用コストにも影響するため、契約前に必ず確認しましょう。

失敗しないためにプロに相談したいな、と考えている人には「ビジトラの勤怠管理AI診断」の活用がおすすめです。

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自社に最適な勤怠管理システムの選び方

勤怠管理システムは、企業の規模や業種、勤務形態によって必要な機能や選定基準が異なります。ここでは、自社に最適な勤怠管理システムを選ぶために押さえておきたいポイントを解説します。

勤怠管理システム選びで迷ったら「ビジトラの勤怠管理AI診断」をご利用ください。

1分の簡単な質問で、自社にピッタリのツールが見つかります。

必要な機能が備わっているか

勤怠管理システムを選ぶ際、まず確認すべきは、自社の業務に必要な機能がしっかり備わっているかです。基本的な打刻機能や残業計算はもちろん、勤務形態や就業規則に対応できる柔軟性も重要です。

確認すべき主な機能を、下記にまとめました。

• 打刻方法：ICカード、スマホアプリ、PCなど複数の打刻手段があるか
• 勤務形態対応：シフト制、フレックスタイム制、変形労働制などに対応しているか
• 休暇管理：有給休暇や特別休暇の申請・承認フローが簡単に行えるか
• 法令対応：労働基準法や働き方改革関連法への対応が可能か

自社の課題を整理し、合った機能を優先的に検討しましょう。不要な機能が多いとコスト増につながるため注意が必要です。

サポート体制が整っているか

勤怠管理システムは導入後も長期間使用するため、サポート体制の充実度が重要です。不具合やトラブルが発生した際に迅速に対応してもらえるかどうかで、運用のスムーズさが大きく変わります。

以下のチェックポイントから、サポート体制が整っているか確認しましょう。

• 導入時サポート：初期設定や操作説明などのサポートはあるか
• 問い合わせ窓口：電話・メール・チャットなど、複数の問い合わせ手段が用意されているか
• トラブル対応時間：土日祝日や深夜にも対応可能なサポート体制があるか
• アップデート情報提供：法改正や新機能追加時に通知があるか

サポート体制はベンダーごとに大きく異なるため、事前に口コミや評判を確認することがおすすめです。

無料トライアルの活用が可能か

勤怠管理システムは実際に使ってみないと操作性や機能性を把握しづらいものです。そのため、無料トライアルを活用して、自社の業務フローに合うかどうかを事前に確認することが大切です。

無料トライアルで確認すべきポイントを、下記にまとめました。

• 操作性：従業員全員が直感的に使えるインターフェースになっているか
• カスタマイズ性：自社特有の勤務形態やルールに柔軟に対応できるか
• 連携機能：給与計算ソフトや人事管理ツールとのデータ連携がスムーズか
• サポート体験：トライアル期間中でも問い合わせへの対応が迅速で丁寧か

無料トライアル期間中は実際の運用を想定し、複数部署で試してみると効果的です。また、比較対象として複数ツールを試すことで最適な選択につながります。

勤怠管理システムの費用・料金相場まとめ

本記事では費用・料金相場を中心に、勤怠管理システムについて解説しました。

近年は手軽に導入できるクラウド型サービスが人気ですが、提供する会社によって費用も提供機能も千差万別です。費用対効果も加味しながら複数のサービスを比較・検討して、ぴったりのサービスを選ぶことをおすすめします。

勤怠管理システム導入は、業務効率化への第一歩です。「ビジトラの勤怠管理AI診断」で、自社に最適なツール選びから始めましょう！

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監修者のコメント

アメニティ株式会社

代表取締役　新井まさみ

アメニティ株式会社、代表取締役　新井まさみ。中学生の時に初めて作成したプログラムでプログラミングの楽しさを知る。システム開発会社にて勤務後、アメニティ株式会社へ入社。入社後、システム開発会社部門を立ち上げ。2005年代表取締役に就任。大手企業の労務・厚生業務のWEBシステム化を多数担当。要件定義から運用、再開発まで行うことでシステムのライフサイクルにも対応。

詳しく見る

勤怠管理システムとは記事にある通り、主に従業員の出勤、退勤などを管理するためのシステムになります。主に従業員の労働時間を管理し残業時間の計算などに使います。そのほか、法定外労働時間の限度時間を超えているか等、労働時間の管理をすることも重要な役割の一つになります。もし紙のタイムレコーダーで管理していた場合、月の途中で法定外労働時間が限度時間を超えているか日々確認するのは困難になります。

休暇申請や管理も労務管理に必要な機能となりますが、通常の有給休暇管理の他に、育児休業や会社独自の休暇を設定することができればより使いやすいシステムになるのではないでしょうか。また、給与ソフトへの連携機能を使えば、給与計算の手間を大幅に減らすことができます。すでに給与ソフトを導入しているのであれば連携できるかを必ず確認してください。

給与ソフトだけでなく残業時間は健康管理システムへの連携が行われることもあります。産業医面談の必要性など、残業時間は残業代の計算以外でも管理が必要な項目となりますので、こちらの機能についても是非確認してみてください。企業により通常勤務、二交代、三交代勤務、変形労働制など多様な勤務時間があります。自社の勤務体系にあっているか導入前に精査することをお勧めします。

執筆者

比較ビズ編集部では、BtoB向けに様々な業種の発注に役立つ情報を発信。「発注先の選び方を知りたい」「外注する際の費用相場を知りたい」といった疑問を編集部のメンバーが分かりやすく解説しています。